安捷伦新冠病毒基因组检测方案与应用案例
病毒在传播过程中会不断地突变，而对于新型冠状病毒 SARS-CoV-2 （以下简称新冠病毒）这样的 NRA 病毒而言， 则更易发生基因突变。自 2020 年初开始在全球肆虐，三年来已经变异出多种不同毒株。数据显示，目前全球范围内发现的新冠病毒变异株已超 1000 种，不同病毒亚型其突变谱、致病性、免疫逃逸能力等各不相同；另外，新冠病毒与季节性流感的混合感染的风险，或者两种不同亚型毒株的同时感染也不容忽视，对临床而言，则需要有效的联合检测才能指导后续的对症治疗。
根据国家卫建委发布的《关于印发对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”总体方案的通知》，2023 年 1 月 8 日起，新冠病毒感染由“乙类甲管”调整为“乙类乙管”。
所以，在疫情防控新形势下，“乙类乙管”并不是放任不管，临床对于新冠病毒感染的诊断提出了新的需求：探究新冠病毒分型、混合感染以及新冠病毒变异监测等。加速对新型冠状病毒的深入理解，持续进行病毒基因组变异的监测，对于战胜疫情至关重要。
安捷伦利用不同技术平台，为临床检测、科学研究、药物和疫苗开发等提供更优更全面的解决方案，安捷伦始终积极参与并支持国家公共卫生能力建设，应对公共安全挑战。
1.传染病病原体 NGS panel
伦敦大学学院 Judith Breuer 教授带领的研究组率先使用定制 SureSelect NGS 基因组合，直接从临床研究材料中对全病原体基因组进行序列捕获和测序；这些定制设计的 SureSelect NGS 基因组合靶向致病菌和病毒的基因组，为直接从各种临床研究样品（包括血液、血清、血浆、粪便和鼻咽抽吸物）中捕获核酸物质提供了一种有效的方法。这种方法无需通过预先培养或 PCR 富集病原体。这些病原体基因组合与 SureSelect XT、XT HS 和 XT 低起始量建库方案兼容，探针：文库的稀释比例为 1:10，并包含 Breuer 教授研究组推荐的其他修饰。
Table：Agilent SureSelect Community Infectious Disease Pathogen NGS panels designed by the UCL group led by Professor Breuer
2.自动化样本质控解决方案
构建高质量的宏基因组文库对最终检测数据的质量十分重要，在构建 RNA 文库之前需要对 RNA 样本进行完整性评估，只有达标的样本才能进入下一阶段反转录及文库构建。
安捷伦在核酸蛋白质量控制领域拥有愈二十年的经验，针对不同来源样本，分析靶标和通量需求提供全套的自动化解决方案。安捷伦的 2100 生物分析仪是目前最为普遍使用的二代测序质控设备。安捷伦在 2100 生物分析仪上最早开发出了 RNA 完整性参数（RIN），它已成为全世界公认的 RNA 质控指标，它以 0-10 的数值直观反映 RNA 样本的完整性程度，为标准化的实验操作提供了样本质量评估的参考标准。在本次新冠病毒（RNA 病毒）的序列确定中，安捷伦 2100 生物分析仪发挥了重要作用。
随着测序样本量的增加，特别是随着后续病毒变异监测以及病毒溯源工作的逐步展开，安捷伦中-高-超高通量自动化核酸质控平台（4200 TapeStation 系统和 Fragment Analyzer 系统）将发挥它们高量与自动化的优势。
3.应用案例
自 2020 年至今，已经有很多研究者利用 SureSelect 靶向捕获技术平台对新冠病毒进行了丰富的研究，示例如下：
利用 Agilent SureSelect 靶向序列捕获技术对病毒和细菌进行全基因组测序，App notes
广岛大学利用自动化技术加速新型冠状病毒检测
https://www.agilent.com/about/COVID-19/zh-cn/COVID-19-insights-hiroshima-university.html
Agilent SurePrint 微阵列芯片：用于鉴定数千种已知和未知病原体的新工具：抗击 COVID-19 等疾病的有力武器
https://www.agilent.com/about/COVID-19/zh-cn/COVID-19-insights-pathogens.html
用于冠状病毒研究的 NGS 靶向序列捕获方法助您应对不断变化的威胁
https://www.agilent.com/about/COVID-19/zh-cn/COVID-19-insights-ngs-approach.html
借助安捷伦自动化移液平台 Bravo、安捷伦定制寡核苷酸文库和酶来合成 DNA，帮助进行冠状病毒检测研究
https://www.agilent.com/about/COVID-19/zh-cn/COVID-19-insights-need-for-speed.html
