高通量测序之(安捷伦)Agilent 2100生物分析仪

Agilent 2100生物分析仪系统是一个能够在独立平台上完成DNA、RNA、蛋白质的分子量测定、定量分析与质量控制的多功能系统。

工作原理

Agilent 2100 生物分析仪的独特优点在于它既可用于电泳分离，又能进行细胞荧光参数的流式分析，既提高了数据精确度和重复性，缩短分析时间，最大限度地降低样品消耗，又提高复杂工作流程的自动化和完整性，其工作原理如图1所示，包括：①样品自样品孔处沿微通道移动；②样品被注入分离通道；③样品组分通过电泳被分离；④各组分通过其荧光被检测并转化成凝胶样图像（条带）和电泳色谱图（峰）。

实验流程

2100生物分析仪将传统的凝胶电泳原理运用到芯片上，在很大程度上减少了样品分离所用的时间、样品用量及试剂损耗，实验操作也以“简易”一词为主，以RNA Nano6000 chip为例，如图2所示，按Agilent 2100芯片操作SOP依次将胶-染料混合液、marker、Ladder、样品等加入对应的芯片孔内，随即放入 2100 Bioanalyzer进行分析。

结果分析

安捷伦2100生物分析仪的另一大优势是通过芯片实验室微流控技术平台可对RNA的完整性、纯度或降解程度进行精确的、数字化的评估。以细胞样本的Total RNA为例，从2100 Bioanalyzer分析完的的实验结果（如图3）所示，我们可以清晰明了地得到以下数据信息：

1.RNA Concentration: 能够较为精确的判断Total RNA 样本的浓度；

2.RNA Integrity Number (RIN): 评估RNA完整性的工具，RNA质量控制的标准，直观地判断出RNA样本的降解程度。RIN值范围为1~10，不同数值代表着样品RNA的不同降解程度，通常，RIN值越高，表明RNA质量越好，则二代测序的数据质量也越高；

RIN值>7,：高质量RNA；

RIN值6-7：部分RNA降解，勉强可用；

RIN值<6：质量较差RNA。


举例：从各种组织、细胞中提取DNA或RNA，同时做Agilent 2100电泳。
如RNA的电泳图：RNA电泳，判断RNA的降解程度，应用于基因芯片、高通量转录组测序、普通RT后的定量分析。检测灵敏度，定量：25ng/ul；定性：5ng/ul

DNA电泳，可以准确判断杂峰等现象，同时对弥散的DNA条带进行范围鉴定，可以对低至0.1ng的DNA进行电泳判断，应用于高通量测序前的样品、文库QC。

特点总结

1. 快速获得结果，30 分钟内完成 11 个样品的自动化分析。

2. 不需要手动染色和脱色步骤，所有的程序集中到一个步骤中实现。

3. 检测精确度提高，预包装的试剂和标准化检测方法可产生高度可再现结果

4. 可分析多种蛋白质样品，细胞消化液、柱层析组分、抗体和纯化的蛋白质

5. 样品消耗量最低，每个分析仅需要1 ul稀释后的样品。

6. 样品对照快速容易，只需单击重叠分析，具有图象缩放功能。

7. 数字数据易于归档和存储，与他人共享数据，输出数据用于发表或者进行陈述。

8. 在一个检测中可以定性和定量分析，可以进行绝对和相对定量（半定量）

9. 多种数据显示选项，结果可以类似凝胶的影像、电泳图谱以及表格格式显示。

10. 数字操作，可对实验进行精细的分析。